On pensait que la résistance aux antibiotiques était principalement un problème de prescriptions abusives et d’élevages intensifs. Une étude publiée dans The Lancet Planetary Health, s’appuyant sur 488 000 génomes de Salmonella collectés dans 139 pays sur 80 ans, révèle un facteur largement ignoré : le réchauffement climatique lui-même accélère la prolifération des superbactéries.

Ce que vous allez apprendre

• Comment des décennies de hausse des températures ont créé un incubateur mondial pour les bactéries résistantes aux antibiotiques
• Pourquoi à la fois les inondations et les sécheresses amplifient ce phénomène — dans deux directions opposées
• Ce que cette découverte implique pour la lutte mondiale contre la résistance aux antimicrobiens

488 000 génomes, 139 pays, 80 ans de données

L’étude est d’une ampleur rare en épidémiologie microbienne. Des chercheurs de l’Académie chinoise des sciences, de Cambridge et d’Oxford ont analysé 488 232 génomes de souches de Salmonella prélevées dans 139 pays entre 1940 et 2023.

Leur objectif : identifier les facteurs environnementaux associés à la prolifération des gènes de résistance aux antimicrobiens (GRA) dans cette bactérie responsable de millions d’infections alimentaires chaque année.

La corrélation qu’ils ont trouvée avec le réchauffement climatique est statistiquement robuste — et documentée dans 82 des 100 pays examinés en détail.

Le réchauffement comme incubateur à superbactéries

La mécanique est connue en microbiologie : les températures plus élevées accélèrent la reproduction bactérienne, augmentant le nombre de générations par unité de temps. Plus de générations signifie plus de mutations possibles, plus d’opportunités pour les gènes de résistance de se développer et de se propager.

Sur 80 ans de données, le réchauffement climatique est associé à une augmentation de 10 % du nombre de souches de Salmonella porteuses de gènes de résistance à l’échelle mondiale.

Plus significatif encore : depuis 2010, le rythme s’accélère. La résistance chez Salmonella a augmenté de 38 % par rapport à la période 1940-2010 — et le réchauffement climatique pourrait être responsable d’environ un quart de cette accélération récente.

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Inondations et sécheresses : deux extrêmes, même résultat

L’un des résultats les plus contre-intuitifs de l’étude concerne les précipitations. Les chercheurs ont constaté des niveaux élevés de gènes de résistance aux deux extrémités du spectre hydrique — ce qui semble paradoxal.

La logique est en réalité différente pour chaque extrême.

Les inondations submergent les infrastructures d’eaux usées dans les zones densément peuplées, dispersant les bactéries résistantes et les résidus d’antibiotiques dans les écosystèmes aquatiques. La sécheresse, elle, concentre ces mêmes résidus et bactéries dans des ressources en eau de plus en plus réduites — amplifiant la transmission dans un espace confiné.

Deux mécanismes opposés, une même conséquence : plus de résistance.

Les insecticides, facteur aggravant inattendu

Une corrélation supplémentaire a surpris les chercheurs : une utilisation intensive d’insecticides est également associée à une prolifération des souches de Salmonella résistantes.

L’hypothèse avancée est analogue à celle des antibiotiques surprescrits. Ces produits chimiques exerceraient une pression sélective sur les bactéries environnantes, favorisant la survie et la multiplication des souches capables de résister — un effet collatéral de leur utilisation massive.

Un quart de la crise résistance vient du climat

La conclusion de l’étude est directe dans ses implications politiques.

Lutter contre la résistance aux antimicrobiens en se concentrant uniquement sur les prescriptions médicales et les pratiques d’élevage ne suffira pas si le réchauffement climatique continue d’accélérer la sélection naturelle des superbactéries. Les deux problèmes sont désormais liés.

Les chercheurs appellent les gouvernements à intégrer leurs objectifs de réduction des émissions de carbone avec les stratégies de gestion antimicrobienne — une convergence de politiques publiques qui n’existe pas encore à l’échelle mondiale.

« Ces résultats soulignent l’importance d’atténuer les changements climatiques en tant qu’intervention stratégique pour freiner la propagation des gènes de résistance aux antibiotiques« , écrit l’équipe.