Les soupçons autour du cas de peste à Irkoutsk continuent d’alimenter les tensions diplomatiques avec la Russie. Les États-Unis, l’OMS et l’UE ont ainsi demandé à Moscou de faire preuve de transparence après la mort de la laborantine de 28 ans qui travaillait pour l’Institut de lutte contre la peste situé dans la ville sibérienne.

Les autorités russes nient de leur côté l’instauration de mesures sanitaires après ce décès, affirmant que la jeune femme était décédée d’une « pneumonie » à l’origine « indéterminée ». Pourtant, selon le média Peuples du Baïkal, cette femme, Daria Chipilova, aurait pu contracter la peste pulmonaire après le bris d’une éprouvette.

Ce mercredi 7 octobre, le chef de l’OMS, Tedros Adhanom Ghebreyesus, a par ailleurs appelé à faire la lumière « sur les informations dans les médias faisant état d’un second employé atteint d’une pneumonie d’origine indéterminée ».

La révélation de ces deux potentiels cas suspects de peste dans cette partie de la Sibérie, autour du lac Baïkal, n’est en tout cas pas anodine, à la lumière de l’origine de cette maladie qui reste particulièrement anxiogène de nos jours.

Ainsi, au mois de juin dernier, une étude publiée dans Nature a donné un nouvel éclairage sur le fléau, affirmant qu’il décimait déjà de petites communautés de chasseurs-cueilleurs en Sibérie il y a 5500 ans. Bien loin et plus anciennement que ce qui est généralement admis jusque-là : la peste est associée aux rats, aux villes médiévales surpeuplées et aux épidémies qui ont balayé l’Europe pendant et après le Moyen-Âge, faisant plusieurs dizaines de millions de morts.

Comment est-on arrivé à cette datation étayée pour la découverte de l’origine de la peste ? Essentiellement grâce au travail méticuleux d’archéologues dans les paysages sauvages autour du Baïkal ; depuis plusieurs décennies ils étudient dans cette région des sites funéraires de chasseurs-cueilleurs préhistoriques.

Une « surprise totale »

L’un de ces sites en particulier constituait jusqu’à présent une énigme en raison d’un « profil de mortalité très inhabituel » avec « un excédent considérable d’enfants et d’adolescents » sur « une période très courte », a raconté mi-juin face à la presse Ruairidh Macleod, chercheur en paléogénomique à l’Université d’Oxford au Royaume-Uni. En l’absence de traces de violence ou de traumatisme sur les squelettes, « aucune explication claire ne permettait de comprendre » les causes de cet événement catastrophique, explique-t-il.

En étudiant l’ADN ancien préservé dans les dents de 46 individus enterrés dans quatre sites autour du lac Baïkal, les scientifiques ont découvert la présence chez 18 d’entre eux de Yersinia pestis, la bactérie responsable de la peste. Un taux de prévalence de près de 40 %, plus élevé que celui observé dans certaines fosses communes de la peste médiévale, alors que la détection de la peste dans l’ADN ancien donne beaucoup de « faux négatifs ».

Il est donc probable que « quasiment tous les individus » inhumés dans ces cimetières soient morts de la maladie lors de deux épisodes épidémiques, dont le plus ancien remonte à 5 500 ans, poursuit Ruairidh Macleod, l’un des principaux auteurs de l’étude, parlant d’une « surprise totale ».

Jusqu’à présent, les plus anciennes traces de peste avaient été retrouvées dans des communautés d’agriculteurs vivant en Europe du Nord au Néolithique tardif, il y a 5 300 ans. Mais la létalité de ces souches anciennes était « vivement débattue » dans la communauté scientifique, rappelle auprès de l’AFP Eske Willerslev, professeur à l’Université de Copenhague et à l’Université de Cambridge.

« La théorie classique en épidémiologie des maladies anciennes est que ce type de (flambée épidémique, NDLR) ne devrait pas se produire chez les chasseurs-cueilleurs, qui se déplacent constamment, vivent en groupes très restreints, et dépendent d’une grande variété de ressources », détaille le paléogénéticien, également co-auteur de l’étude.

La marmotte, animal-hôte de la bactérie

Cela a conduit certains auteurs comme Yuval Noah Harari (Sapiens) ou Jared Diamond (Effondrement) « à construire l’image d’un âge d’or des chasseurs-cueilleurs : une époque sans maladies, sans agents pathogènes, avec des individus en parfaite santé. Mais en réalité, ce n’était pas si simple d’être chasseur-cueilleur. Si la peste apparaît à plusieurs reprises, il est probable qu’elle ait été assez courante », estime Eske Willerslev.

Et l’animal-hôte de la bactérie n’était pas le rat comme au Moyen-Âge, mais vraisemblablement une espèce locale de marmotte, la Marmota sibirica. Ces rongeurs « ont une histoire évolutive très ancienne en lien étroit avec la bactérie responsable de la peste et sont supposés être l’espèce hôte originelle dans laquelle la maladie a d’abord évolué », rappelle Ruairidh Macleod.

Aujourd’hui encore, des cas de peste transmise par des marmottes sont régulièrement signalés en Sibérie et en Mongolie, où elles sont chassées pour leur fourrure et leur viande. Par exemple à l’été 2020, quand une dizaine de cas de peste bubonique auraient entraîné deux décès à Oulan-Bator, la capitale de la Mongolie. Ce qui avait poussé le gouverneur de la région frontalière russe, la république de Touva, à ordonner une campagne de vaccination des habitants.

Surveiller les populations de rongeurs locaux, c’est justement l’une des missions de l’Institut de lutte contre la peste d’Irkoutsk, où travaillait la laborantine décédée. Celui-ci a été fondé dès 1934, montrant l’importance historique de la place de la peste dans la région.

Dans le cas des chasseurs-cueilleurs, « la première infection est très probablement provenue d’une interaction avec un animal, avant de se propager ensuite parmi les humains » par voies respiratoires, explique pour sa part Astrid Iversen, professeur de virologie à l’Université d’Oxford et à celle de Copenhague. « Cela illustre bien ce que l’on observe aujourd’hui » puisque « selon l’OMS, environ 75 % de toutes les nouvelles maladies infectieuses » sont transmises par les animaux, note la chercheuse, également co-autrice de l’étude.