Zhongyue Yang et al, selon Biorxiv. ont présenté MutexaGPT, un cadre multi-agents en libre accès qui automatise le lien entre les orientations guidées par l’intuition et les simulations moléculaires à haut débit pour l’ingénierie des enzymes, selon des travaux publiés dans Nature Computational Science.

Les cadres multi-agents qui fusionnent de grands modèles de langage avec des outils basés sur la physique par le biais d’appels d’outils offrent une voie prometteuse pour intégrer cette intuition dans les architectures informatiques. Ce paradigme convient particulièrement au domaine de l’ingénierie des enzymes, où les objectifs exigent l’équilibre de contraintes structurelles et dynamiques concurrentes, rapporte Nature.

Trois agents et des simulations moléculaires à haut débit

Le système MutexaGPT se compose de trois agents distincts : QuestionAnalyzer, WorkPlanningBoard et ResultExplainer. Ceux-ci fonctionnent de manière séquentielle avec les interventions de l’utilisateur et disposent d’un accès par appel d’outils aux simulations moléculaires à haut débit via EnzyHTP, d’après les détails fournis dans Nature.

L’ingénierie de la cavité de liaison d’une halogénure méthyltransférase pour accueillir des substrats plus volumineux a atteint un taux de réussite expérimental de 40 %. De plus, l’ingénierie de liaisons pour améliorer l’adaptation au froid d’une amylase bidomaine a produit des variants affichant des améliorations d’activité à basse température de 1,7 fois et de 3,7 fois, selon Nature, après que les auteurs de l’étude ont validé les capacités du cadre à travers deux cas pratiques.