Une équipe française a annoncé en 2014 avoir réactivé un virus géant venu du sol gelé sibérien : des dizaines de milliers d’années de gel ne l’avaient pas tué. Des chercheurs français ont découvert un nouveau virus géant congelé dans le permafrost sibérien depuis plus de 30 000 ans. En laboratoire, il a suffi de le mettre en contact avec son hôte habituel pour qu’il se réveille, comme si le temps ne l’avait jamais figé.

Trente mille ans. C’est la durée du sommeil du pathogène avant sa résurrection.

Baptisé Pithovirus sibericum, ce virus a été isolé par une équipe du Laboratoire information génomique et structurale, à Marseille, sous la direction de Jean-Michel Claverie et Chantal Abergel. Le virus a été trouvé dans un échantillon de sol gelé en permanence prélevé à 30 mètres de profondeur dans la toundra côtière de Tchoukotka, près de la mer de Sibérie orientale, où la température moyenne annuelle est d’environ -13,4°C. Une datation au radiocarbone a confirmé l’ancienneté du prélèvement : la végétation qui y poussait remonte à plus de 30 000 ans, une époque où les mammouths et les Néandertaliens arpentaient encore la Terre.

Un colosse microscopique, mais inoffensif pour l’homme

La taille du Pithovirus a d’abord frappé les chercheurs. Il mesure environ 1,5 micromètre, ce qui en fait le plus grand représentant connu d’une classe de virus géants découverte dix ans plus tôt, si volumineux qu’on peut l’observer au microscope optique classique, sans passer par un microscope électronique. Sa forme, rappelant une amphore antique, lui a valu son nom : le mot grec « pithos » désigne justement une jarre.

Le point crucial, c’est sa cible. Ce n’est pas un virus qui, une fois réactivé, serait mortel pour l’homme : les virus sur lesquels l’équipe travaille sont choisis pour ne pas être dangereux. Le Pithovirus s’attaque exclusivement à un genre d’amibe, un organisme unicellulaire baptisé Acanthamoeba. En laboratoire, les chercheurs ont dégelé le virus et observé sa réplication dans une boîte de culture, où il a infecté cet organisme simple. Les amibes ont commencé à mourir les unes après les autres, preuve que l’agent infectieux fonctionnait toujours parfaitement.

Rien à craindre pour la santé humaine, donc.

Ce choix méthodologique n’a rien d’anodin. Les chercheurs utilisent l’amibe volontairement, comme un appât sans danger pour capturer des virus. Chantal Abergel l’a résumé sans ambiguïté : « Les virus sur lesquels nous travaillons sont choisis pour ne pas être dangereux pour l’homme ». L’amibe sert de révélateur biologique, un outil qui permet de détecter la présence de particules virales viables sans jamais manipuler d’agent pathogène pour l’espèce humaine.

Ce que cette expérience révèle vraiment

L’intérêt de la découverte dépasse largement le sort d’une amibe sibérienne. Ce que démontre l’expérience, c’est qu’un virus peut rester biologiquement actif après des dizaines de milliers d’années passées dans la glace, contredisant l’intuition selon laquelle le gel équivaut à une destruction ou du moins à une inertie définitive. Même après plus de 30 000 ans enfoui dans le permafrost, le virus est resté actif et a infecté rapidement la cellule hôte dès que les chercheurs y ont exposé des amibes en laboratoire. Le froid extrême n’a donc pas été une tombe, mais une sorte de mise en pause biologique.

Cette capacité de survie n’est pas propre au seul Pithovirus. En 2015, la même équipe a isolé un second virus géant dans le même échantillon de pergélisol, baptisé Mollivirus sibericum. Le fait que deux virus différents aient pu être facilement réactivés à partir d’un pergélisol préhistorique devrait inquiéter dans un contexte de réchauffement climatique, écrivaient alors les chercheurs dans leur publication. Un fait, pas une hypothèse isolée.

La question qui se pose désormais concerne l’ampleur du phénomène. La découverte a amené les scientifiques à s’interroger sur ce que d’autres microbes pourraient encore attendre, cachés dans le pergélisol en train de fondre, avant une nouvelle chance d’infecter. Les auteurs de l’étude publiée dans la revue PNAS ont formulé cette inquiétude avec prudence, sans céder à l’alarmisme : la réactivation de ce virus ancestral, utilisé comme indicateur sûr de la présence possible de virus pathogènes, suggère que le dégel du pergélisol, qu’il soit dû au réchauffement climatique ou à l’exploitation industrielle des régions circumpolaires, pourrait ne pas être exempt de menaces futures pour la santé humaine ou animale.

Prudence des chercheurs, vigilance sur l’Arctique

Jean-Michel Claverie n’a pas éludé le sujet le plus sensible, celui d’agents pathogènes historiquement combattus par l’humanité. Interrogé par la BBC à l’époque, il formulait cette hypothèse avec les précautions d’usage : si ces virus survivent de la même manière que les virus infectant les amibes, alors la variole ne serait pas éradiquée de la planète, seulement de sa surface. Une déclaration au conditionnel, qui reste une hypothèse de travail et non une certitude scientifique établie.

Le contexte géographique alimente cette vigilance. L’Arctique est une région très sensible au changement climatique, qui fait par ailleurs l’objet d’une exploitation intensive de ses ressources minières et en hydrocarbures. Plus le pergélisol recule, plus l’accès à des couches de sol restées gelées depuis des millénaires devient facile pour les activités humaines. La résurgence de virus actifs mis au jour par la fonte du pergélisol constitue désormais un scénario tout à fait envisageable, notaient déjà les commentateurs scientifiques au moment de la publication.

Depuis cette découverte fondatrice, d’autres membres de la famille des Pithoviridae ont été isolés, dans le pergélisol. De plus, dans des échantillons plus récents. En 2016, un isolat proche, Pithovirus massiliensis, a ainsi été découvert dans un échantillon d’eaux usées prélevé dans le sud de la France, preuve que cette famille virale n’a pas disparu et continue de circuler discrètement dans des environnements bien plus ordinaires qu’un sol gelé sibérien.

Sources : recherchespolaires.inist.fr | france24.com