Le loup intéresse et divise depuis son retour naturel en France dans les années 1990, venu d'Italie après une longue absence. Les méthodes classiques de comptage - traces au sol, attaques de troupeaux, observations directes - ont longtemps suffi à donner une estimation approximative.

Mais une étude scientifique récente, publiée en 2024, change radicalement la donne : l'analyse génétique place la population entre 920 et 1 125 individus, avec une moyenne de 1 013 loups. Une révélation qui pourrait transformer la politique française de gestion de ce grand prédateur.

L'ADN, nouvel outil de comptage des loups sauvages

Les chercheurs ont misé sur une approche novatrice : l'échantillonnage génétique non invasif. Concrètement, ils collectent des poils, des fèces ou des restes biologiques laissés dans la nature sans perturber les animaux. Chaque échantillon livre un profil ADN unique, une véritable carte d'identité individuelle du loup.

Ces données sont ensuite intégrées dans un modèle dit de « capture-recapture » spatial. Cette méthode, empruntée à l'écologie des populations, permet d'identifier chaque individu et de suivre ses déplacements dans le paysage. Elle évite les doublons qui faussaient les anciennes estimations et offre une vision bien plus précise des effectifs réels.

Voici les trois grandes forces de cette méthode par rapport aux approches traditionnelles :

• Identification certaine de chaque individu grâce au profil génétique;
• Absence de perturbation des animaux lors de la collecte.
• Modélisation spatiale qui tient compte des déplacements sur le territoire.

Résultat : la population de loups en France est probablement sous-estimée depuis plusieurs années. Ce constat remet en question les données officielles, qui s'appuyaient sur des indices indirects moins fiables.

La population de loups en France se situerait entre 920 et 1 125 individus, avec une moyenne de 1 013 loups. Une progression qui inquiète les éleveurs. © Willy Mobilo, iStock

Entre victoire pour l'écosystème et crise pour le pastoralisme

Dépasser le seuil des 1 000 loups représente, pour les défenseurs de la nature, une réussite écologique majeure. Éradiqué du territoire français au début du XX^e siècle, Canis lupus a retrouvé naturellement sa place dans les écosystèmes alpins et au-delà. Sa présence signale des milieux naturels en bonne santé, capables de soutenir un grand prédateur au sommet de la chaîne alimentaire.

Mais cette progression inquiète profondément les éleveurs. En 2023, plus de 12 000 animaux domestiques auraient été tués par des loups, un chiffre record qui nourrit la colère dans les zones rurales. Pour les acteurs du pastoralisme, un effectif dépassant les 1 000 individus paraît difficilement gérable et menace directement la survie de certaines exploitations.

La France s'était fixé un objectif de maintien d'environ 500 loups, jugé suffisant pour assurer la viabilité de l'espèce. Si les chiffres réels sont le double, cela modifie l'équation politique de fond. Faut-il augmenter les tirs dérogatoires autorisés ? Renforcer massivement la protection des troupeaux par des chiens de garde et des clôtures ? S'inspirer des modèles de cohabitation testés en Suède, en Espagne ou en Italie ?

Ces questions dépassent la seule science. La décision finale appartient aux responsables politiques, qui devront arbitrer entre protection d'une espèce emblématique, réalités économiques agricoles et acceptabilité sociale. Les données de l'Office français de la biodiversité serviront de base à ces arbitrages, mais le débat reste ouvert et tendu.

Une chose est certaine : en révélant l'étendue réelle de la présence du loup grâce à l'ADN, la science oblige la société française à regarder en face une réalité qu'elle ne peut plus minorer.