Récemment, des épidémiologistes et microbiologistes étasuniens mènent des enquêtes portant sur des espèces de champignons à l’origine d’épidémies aussi rares que dangereuses. Leur histoire s’est faite via les transports par bateaux mais également, au gré de catastrophes naturelles et de l’augmentation des températures en raison du réchauffement climatique.

Le cas de Cryptococcus gattii

Cryptococcus gattii est un champignon – ou plutôt une levure – que l’on trouve principalement dans les climats tropicaux et subtropicaux. Cette organisme microscopique est à l’origine d’une maladie pulmonaire ayant subitement fait son apparition en 1999, dans l’ouest du Canada. Les premières personnes touchées furent ainsi les patients zéro d’une épidémie qui causera davantage de décès dans les années suivantes. L’épidémiologiste moléculaire David Engelthaler et le microbiologiste et immunologiste Arturo Casadevall ont enquêté sur ce champignon, comme le rapporte un article du National Geographic publié le 4 décembre 2025.

Après avoir épluché de nombreuses données provenant d’analysés génétiques, de prélèvements dans le sol et de registres maritimes, les chercheurs ont retracé le parcours de Cryptococcus gattii. Originaire du Brésil, la fameuse levure a rejoint l’Amérique du Nord par bateau après l’ouverture du canal de Panama en 1914. Sa destination finale ? L’île de Vancouver, où son développement durant plusieurs décennies s’est fait en silence. Cependant, le séisme de 1964 en Alaska – de magnitude 9,1 à 9,3 – a engendré un tsunami de grande ampleur apportant le champignon sur le continent. Trente ans plus tard, la levure a colonisé toute la côté ouest du Canada et est devenu plus virulent, désormais capable de tuer des humains.

Cependant, le cas de Cryptococcus gattii n’est pas une exception. Pour le compte du Service du renseignement épidémiologique (EIS) des Centres américains pour le contrôle et la prévention des maladies (CDC), David Engelthaler et Arturo Casadevall se rendent régulièrement dans divers endroits pour leurs investigations.

L’EIS aujourd’hui en mauvaise posture

Il faut dire que, dans l’actuel contexte de réchauffement climatique, certaines catastrophes naturelles comme les ouragans sont plus fréquents et plus intenses. Or, cette tendance génère des maladies fongiques dans des endroits habituellement non concernés. Ces maladies, comme l’aspergillose et l’histoplasmose causent des centaines de milliers de décès chaque année dans le monde. De plus, il s’avère que ces organismes s’adaptent progressivement au réchauffement climatique, ce qui les rend de plus en plus dangereux.

Comme l’expliquent les chercheurs de l’EIS, une autre espèce de levure baptisée Candida auris (voir photo ci-après) a été identifiée pour la première fois en 2009, à partir d’une souche isolée de l’oreille externe chez une patiente japonaise. Responsable de la candiose, une infection attaquant notamment la circulation sanguine et le système nerveux central, la levure aurait émergé simultanément sur trois continents en 2019. Or, l’une de ses capacités est de pouvoir s’adaptant à des températures corporelles plus élevées proches de celles de l’humain.

Crédit : Shawn Lockhart / Wikipedia

Malgré son utilité indéniable, l’EIS est aujourd’hui en mauvaise posture. Effectivement, son budget a diminué sous l’ère Trump comme en témoigne la promotion 2025, composée de seulement 47 nouveaux agents, contre 65 à 80 habituellement. Pourtant, les maladies fongiques tuent environ 7 000 personnes chaque année aux Etats-Unis – une tendance à la hausse – et coutent près de 20 milliards de dollars par an à l’état. Par ailleurs, l’EIS ne peut pas vraiment se tourner vers le privé car, dans la mesure où ces champignons sont assez rares, développer des traitements est impensable pour les sociétés pharmaceutiques en raison de profit quasi inexistants.